Desa Lipaga awalnya merupakan salah satu suku murut Tahol yang masih hidup dalam komunitas rumah panjang (Pahun maawar)yang terletak didaerah aliran sungai Sinapar tepatnya di Kuala Sungai Lipaga yang di bawah kepemimpinan Ketua Suku  yaitu Bapak TALAKOS setelah memimpin beberapa priode Bapak TALAKOS diganti oleh Bapak BANGAU dan setelah kepemimpinan beberapa Tahun atau priode Bapak BANGAU diganti oleh Bapak PADAN sebagai Kepala Kampung atau Kepala Desa, Setelah kepemimpinan Bapak PADAN diganti oleh Bapak SIBER UDAN sebagai  kepala kampung desa Lipaga, yang masyarakatnya tinggal di pemukiman Kuala Sungai Lipaga. Seiring perjalanan waktu kehidupan masyarakat mengalami perubahan setelah ada program Pemerintah Regrouping pada masa Camat AGUNG PADAN pada tahun 1970 an masyarakat Lipaga pindah bersama dengan Sembilan (9) desa lainnya bergabung disuatu tempat yang yaitu Pemukiman Kelompok Tau Lumbis.Dan setelah kepemimpinan Bapak SIBER UDAN diganti oleh Bapak DARWIN melalui Pemilihan secara langsung/Demokrasi dengan masa jabatan 2009-2014 Kemudian  berikutnya Pemilihan Kepala Desa Baru Maka Terpilih Lagi Bapak DARWIN sebagai Kepala Desa Lipaga dengan masa Jabatan Tahun 2015-2021.

Desa Lipaga merupakan satu diantara 49 Desa di kecamatan Lumbis Ogong  Kabupaten Nunukan yang langsung berbatas dengan Sabah Malaysia dan juga sebagian wilayahnya termasuk daerah OBP dengan Peta wilayah Tempat Desa  ± 450.000 Ha. Secara administratif Desa Lipaga berbatasan dengan :

a. Sebelah Utara berbatasan dengan Desa Kalisun

b. Sebelah Selatan berbatasan dengan Sabah Malaysia

c. Sebelah Barat berbatasan dengan Desa Kabungolor

d. Sebelah Timur berbatasan dengan Desa Tetagas

Tabel 01 : Kepemimpinan Desa Lipaga